Federalno tužilaštvo FBiH je zakonom ovlašteno da može podizati optužnice u krivičnim predmetima iz nadležnosti kantonalnih tužilaštava i iste zastupati pred općinskim i kantonalnim sudovima u Federaciji BiH. Zbog sadašnje kadrovske i materijalne osposobljenosti Federalnog tužilaštva FBiH, te obaveza koje Federalno tužilaštvo FBiH ima u drugostepenim postupcima pred Vrhovnim sudom FBiH ova procesna mogućnost se u praksi ne koristi, ali se nastoji kroz nadzor nad radom kantonalnih tužilaštava, pružanjem stručne pomoći, davanjem pojedinačnih obaveznih uputstava i stručnim mišljenjima uticati na kvalitet optužnica kantonalnih tužilaštava.